Cikal bakal Samudera Indonesia bermula pada 1 Maret 1953 ketikapendiri perusahaan, Bapak Soedarpo Sastrosatomo (1920-2007)mengambil alih kepemilikan NV ISTA (Internationale Scheepvaart enTransport Agenturen) atau yang kemudian dikenal dengan IndonesianShipping and Transport Agency.ISTA adalah perusahaan keagenan yang mewakili Isthmian Lines diIndonesia. Pada saat itu, perusahaan pelayaran Amerika milik USSteel ini, memiliki jadwal kunjungan kapal 3 kali dalam sebulan diIndonesia. Bisnis keagenan ISTA kemudian berkembang pada tahun 1954ketika ISTA mulai mewakili Hapag dari Jerman dan Tokyo Senpaku dariJepang. Dengan adanya Peraturan Pemerintah No. 5 tahun 1964 yang menetapkansemua aktivitas pelayaran harus dijalankan oleh perusahaanpelayaran, termasuk di dalamnya keagenan, bongkar muat, danpergudangan maka didirikanlah PT Perusahaan Pelayaran SamuderaâSamudera Indonesiaâ dan sejak itu bisnis keagenan ISTA diteruskanmelalui Samudera Indonesia.